La Historia eclesiastica indiana, que es una cronica de la evangelizacion en Mexico. La casa real impidio su publicacion debido a la criticas de Mendieta a la colonizacion del nuevo mundo y el texto no fue publico hasta 1870. Aunque con cierto paternalismo, Mendieta denuncia en este libro el afan desmedido de riqueza que se oculta tras los propositos cristianos de ciertos conquistadores y traza un panorama idilico en el que las reacciones de los aborigenes ante la llegada de los espanoles resulta distante de la realidad.