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Caracterizam a Complexidade Do Transcriptoma de Mamíferos: DA CLONAGEM RT-PCR CDNA EM TODO O GENOMA, À DESCOBERTA DE NOVOS GENES DE MAMÍFEROS, E À COM
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| Na minha tese de doutoramento, descrevi uma RT-PCR de grande escala e um oleoduto de clonagem que desenvolvi para obter vários milhares de clones de cDNA de mamíferos (principalmente humanos e ratos) para o esforço de recolha de genes de mamíferos NHGRI/NCI. Nessa altura, as camadas da complexidade do transcriptoma dos mamíferos ainda não tinham sido totalmente concebidas. Neste projecto, estive profundamente envolvido em questões estratégicas e conceptuais na caracterização da complexidade do transcriptoma a partir de diferentes níveis. Utilizando o pipeline RT-PCR combinado com algoritmos de previsão genética que utilizam informação genómica comparativa, identificámos com sucesso e verificámos experimentalmente novos genes de mamíferos, tais como homólogos de ratazanas de genes de doenças humanas de comprimento total. Além disso, estudei a complexidade da transcriptoma incluindo SNPs e emendas alternativas em amostras de leucemia usando PCR quantitativa, e desenvolvemos uma tecnologia de análise de traços para identificar múltiplas transcrições alternativas emendadas numa única reacção sequencial. Os meus resultados sugeriram que, em alternativa, as transcrições emendadas mostram uma regulação específica do tipo de cancro para cima ou para baixo, e a proporção de isoformas alternativas emendadas pode estar subjacente ao mecanismo do cancro. |
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